ไฮโดรเจนสามารถเป็นเชี้อเพลิงแทนเชื้อเพลิงจากฟอสซิลได้ ถึงแม้ว่าไฮโดรเจนสามารถใช้ในเครื่องสันดาปภายในได้แต่เซลล์เชื้อเพลิงในฐานะที่เป็นไฟฟ้าเคมี ในทางทฤษฏีแล้วมีข้อได้เปรียบเหนือเครื่องยนต์ความร้อน แต่เซลล์เชื้อเพลิงมีค่าใช้จ่ายในการผลิตสูงกว่าเครื่องสันดาปภายในมาก ถ้าเซลล์เชื้อเพลิงมีราคาใกล้เคียงกับเครื่องสันดาปภายในหรือกังหันแก๊ส โรงไฟฟ้าที่ใช้แก๊สคงหันมาใช้เทคโนโลยีนี้มากขึ้น

แก๊สไฮโดรเจนที่ใช้กับเซลล์เชื้อเพลิงต้องเป็นแบบเกรดสูง ซึ่งจะบริสุทธ์กว่าเกรดธรรมดาถึง 5 เท่า แต่แก๊สไฮโดรเจนเกรดธรรมดาถึงแม้จะมีคาร์บอนและซัลเฟอร์ผสม ก็สามารถผลิตจากขบวนการผลิตแบบ steam reforming ถูกๆได้ เซลล์เชื้อเพลิงต้องการความบริสุทธ์ของไฮโดรเจนสูงมาก เพราะสิ่งสกปรกจะทำให้อายุการทำงานของอุปกรณ์ภายในสั้นลงอย่างรวดเร็ว